Różne rośliny, które budują nasze oczko wodne, maja oczywiście różne podatności na choroby i szkodniki. Warto jest zapoznawać się z tymi cechami indywidualnie dokonując wyboru flory dla naszego wodnego ogrodu.
Niemniej większość problemów ma charakter bardzo typowy i generalizacja ma daleko idący sens.
Na samym początku musimy pamiętać, że zwalczanie chorób w oczku wodnym wygląda zupełnie inaczej niż gdzie indziej chociażby dlatego, że zastosowanie środka chemicznego zaraz przy wodzie spowoduje jej zatrucie. Koniec z rybami i innymi organizmami wodnymi pewny.
Pewnym wyjściem jest tu wyjęcie roślin umieszczonych w pojemnikach i przeprowadzenie kuracji w osobnej balii. Po czasie leczenia może ona wrócić spokojnie do oczka. Niestety w większości przypadków nie ma możliwości technicznych dla takiego działania i trzeba się ograniczać tylko do środków biologicznych. Najczęściej będzie to wyciąg z czosnku i/lub z pestek grapefruita. Ich skuteczność jest co najwyżej umiarkowana i w niektórych przypadkach oczko wodne może ucierpieć na ich stosowaniu. Trzeba się bardzo dokładnie zapoznać z ulotką specyfiku przed przystąpieniem do kuracji.
Decydując się na oczko wodne możemy być w zasadzie pewni, że przyjdzie nam się mierzyć z mszycami. Są one wszędobylskie i prędzej czy później pojawiają się praktycznie w całych ogrodach. Mszyce atakują najczęściej grzybienie (lilie wodne), żabiściek, pałki i kosaćce. Najlepszą metodą na nie są środki mechaniczne czyli po prostu ręczne usuwanie. Jest to bardzo czasochłonne ale skuteczne. Można też spłukiwać je strumieniem zimnej wody do oczka, gdzie stanowią potem pokarm dla ryb, ale nigdy nie usunie się ich w ten sposób tyle, by nie namnożyły się potem bardzo szybko i wróciły do poprzednich ilości.
Wśród chorób największe zagrożenie stanowi grzybowa plamistość liści. Spodziewać możemy się jej pod koniec ciepłego i wilgotnego lata. Rozpoznanie jej jest bardzo proste gdyż na liściach powstają charakterystyczne rozległe brunatno-czarne plamy, które szybko zmieniają się w dziury. Choroba dotyka przede wszystkim roślin z dużymi liśćmi unoszącymi się na wodzie. Wszystkie dotknięte nią obszary rośliny trzeba natychmiast usuwać by całe oczko wodne nie zrobiło nam się brązowe. Zwalczanie jej przebiegnie samoczynnie jeśli zadbamy o usuwanie zainfekowanych liści. Można też rośliny przenieść do izolowanego miejsca i tam zastosować specjalne środku grzybobójcze.